有时候需要对cellpose检测结果进行自定义的可视化展示,则需要读取其保存的npy文件并进行处理。
import os
from glob import glob
# 获取指定目录下所有npy文件地址
wks = 'path/to/data'
fps = glob(os.path.join(wks, '*.npy'))
# 读取某个npy文件
rec = np.load(fps[0], allow_pickle=True).item()
读取后rec是一个字典,包含'outlines', 'colors', 'masks', 'chan_choose', 'filename', 'flows', 'ismanual', 'manual_changes', 'model_path', 'flow_threshold', 'cellprob_threshold', 'normalize_params', 'restore', 'ratio', 'diameter'等键。
其中 outlines 是将目标轮廓像素按其索引进行标记的图像,masks则是将目标内区域所有像素进行标记的图像。如果我们想重新进行着色,则需要使用它们记录下来的索引信息,在RGB图像上重新着色。
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