本文介绍如何选择图像中感兴趣的区域并进行测量。

通过前面一些基础概念的介绍，我相信大家已经能够使用 ImageJ 制作出符合规范的能够在论文中展示的图像了。但是一般来说，光有图像可不够，还得有一些定量的分析。

所以这里展示一个最简单的定量分析场景：统计细胞内的荧光信号。如上图所示，我们有一张细胞的明场图像，然后还有一张细胞的荧光图像。如果要统计细胞内的信号，首先就需要圈选细胞，这就涉及到非常重要的一个概念，叫做「感兴趣区域」（Region of Interest，ROI）。

ImageJ 的菜单栏中首当其冲就放了一堆 selection tool，方便大家进行图像选区。可想而知这个功能的基础和重要。然后这些tool分别是不同类型的选择工具，有矩形，椭圆，多边形，手绘，直线，三角和点选等。而对于细胞而言，我们使用手绘比较合适。

由于明场上似乎细胞看得更完整，边缘更清晰一点，所以我们在这里手动圈选出细胞轮廓。绘制完毕后，按快捷键 t 就能把这个 selection 添加到 ROI 管理器，保存起来。接下来点击绿色通道，再点击 ROI 管理器中已经保存的 selection，就能直接 apply 到绿色通道了。

有了这样一个选取，接下来我们就可以做很多测量了。眼尖的朋友应该能看到 ROI 管理器中就存在 Measure 的按钮。不过在 Measure 之前，我们先要告诉 ImageJ，到底想测量哪些指标，因为针对一个选区，有很多可以统计的指标。

这个时候就要点击 Analyze>Set Measurements... 来进行设定。弹出的对话框里面提供许多指标，基本上满足了一般的统计需求：

我们这里勾选面积，信号强度均值，还有最大最小值即可。然后再点击绿色通道的图片窗口，按快捷键 Ctrl+M 就能进行测量。结果会记录在 Results 窗口。

多个细胞的统计可以如法炮制，然后所有的统计数据都记录在 Results 窗口，这个窗口点击 Ctrl+S 就可以把结果保存为 csv 格式的数据表，方便进行后续的分析比较。

最后需要提醒大家的是，这里展示的是手动图像选区测量的方式。好处是非常简单，不依赖任何算法，就可以对感兴趣的区域进行测量。缺点是人工选区无法做到特别精确，而且容易引入人为偏见，所以这种方式通常用于较小数据量的半定量分析，而且务必保存好所有ROI记录（点击ROI管理器窗口，More>Save）。