本文介绍对图像进行划线测量的操作
通过前面我们已经知道有各种图像选区的工具,针对不同的感兴趣对象可以使用不同的工具。上篇中使用了 freehand 来对细胞进行选择,这里则进一步展示使用 line 来对凝胶电泳成像的结果进行划线测量,获取其 profile。
通过拍摄得到的原始图像是黑底亮带,然而在文献中我们为了页面干净,更喜欢使用白底黑色条带的胶图。这种反转其实可以通过快捷键 Ctrl+Shift+I
来完成。在划线测量中,我们依然使用原始图像,因为这样得到的profile曲线,有条带信号的部分数值是大于背景的,凸起来的曲线,看上去更符合习惯一点。
具体操作如上边动图所示,有一些小技巧:
- 按住 Shift 键划线可以带吸附,划线时要么水平要么竖直
- 同理,按住 Shift 移动画过的线可以保持其水平或竖直移动,此例中平移可以保证所得 profile 的横坐标保持一致。
- 按
Ctrl+K
快捷键可以完成划线测量并自动弹出 profile 的窗口。不过 imagej 中作图效果过于朴素,所以用户可以该窗口中可以找到响应的Data>
按钮来保存数据到表格,后续自己去调整作图风格。 - 测量完之后,随时按
t
把划线加入ROI管理器保存起来,不然后面数据溯源就麻烦了。
划线测量也常见于一些简单的共定位分析,用于判断两个通道在相同位置(也就是划线区域)的重叠情况。需要注意的是,这种测量方式其实是从原数据中进行了降维抽样,即从二维图像中提取了一维曲线,所以这种曲线必须是作为一张整图的辅助说明。单独出现的时候是不具备说服力的。
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