ImageJ支持打开和处理上百种不同格式的成像数据。

每个显微镜厂家都会有自己的成像数据格式，然后得用自家的数据分析软件以获得最完整的支持。这些软件大部分功能趋同，但是用户界面操作逻辑多少会有差异，这就造成了用户额外的学习成本。

但事实上，我们不可能为了每一种数据格式去学习一个新的软件。而且大部分情况下，我们只是做一些简单的数据分析，可能那些软件里面90%以上的功能都用不上。

这个时候，ImageJ 作为一个开源且久远的工具就发挥了它的作用：尽可能兼容了大部分成像数据格式。

上图就展示了目前 ImageJ 支持打开的上百种数据格式，这种支持是由「BioFormats」插件提供的，而且还在持续更新，这背后凝聚了大量开发者的努力。

成像数据我们之前提到过，本质是数值矩阵，但这个只是 RAW data。各个显微镜厂商还会将各种硬件信息实验信息都作为 Meta元数据和Raw data 整合到一起，由于元数据的差异，所以才会有各种各样的数据格式。

而 ImageJ 中，就是帮你把 RAW data 提取成为 Image（对应xy），或者 Stack（对应xyz, xyt 等），又或者 Hyperstack（维度大于3，如xyzt）。

如果ImageJ也无法打开，则需要在拍摄保存原始数据的同时导出为TIFF文件。

背景介绍结束，接下来我们打开一个后缀为 czi 的数据，直接拖拽到 ImageJ 中即可，然后自动弹出 Bio-Fromats，如下所示：

这里有很多选项，一般情况下默认即可。

可以看到，这是一个双通道成像的数据。然后因为 ImageJ 自动提取了这个数据中包含的元信息，所以这个数据的 scale 已经是设置好的，在图片窗口上方就能看到图像所对应的实际视野大小。

在图像窗口中按 Ctrl+I 快捷键，能够查看到这个数据的元信息，内容非常长，像用了什么激光，激光功率，荧光通道等等信息都是能找到的。

ImageJ虽然能够兼容各种格式吧，但是相信你也看到了，它打开之后就是以灰度图这种最朴素的方式呈现数据的，视觉效果不是很好，但其实对于数据分析而言是最合适的。