为科研工作者打造了一个开箱即用的obsidian模板库:SciNote。通过代码和插件,简化了文献阅读批注和论文草稿撰写等核心工作流程中信息管理步骤,提升工作效率。

项目目标

SciNote 模板库的目标是帮助广大科研工作者提高文献信息收集,管理和输出的效率。

技术路线

利用先进的obsidian双链笔记、插件和自定义python代码,尽可能简化「文献阅读笔记」和「撰写论文草稿」两大科研工作流程,开箱即用。

主要功能

1. 插入文献笔记

类似 zotero 中通过标识符添加条目 的功能,该功能支持对复制到粘贴板中的文献DOI进行处理并自动创建文献笔记。

按下快捷键 Ctrl+Q 打开 QuickAdd 命令面板,点击 📥插入文献(先复制好DOI) 命令,即可自动在 references 目录中插入文献笔记。初始化文献笔记包含Front MatterMeta InfoAttachments 三大部分。

其中 Front Matter 部分需填写 categories 和 tags。Attachments 用于存放该文献的全文PDF和补充材料。 Meta Info 由后台查询 crossref 后自动填充,各个字段说明如下:

  • title: 标题
  • journal: 期刊名
  • sjournal: 由 crossref 提供的期刊名缩写,部分期刊可能没有缩写
  • doi: 文献标识符
  • shortdoi: shortdoi.org 提供的缩短的全球唯一标识符,一般只有6个字符,本模板库以此作为 unique citation key。
  • fauthor: 第一作者(First Name, Last Name)
  • year: 发表年份
  • volume: 文献卷号,部分文献可能为空
  • issue: 文献期号,部分文献可能为空
  • page: 文献页码,部分文献可能为空
  • url: 文献网址,点击可以打开obsidian内置浏览器,专用于全文PDF下载

2. 添加全文PDF

类似 zotero中 zotfile 的功能,该功能支持将下载好的PDF进行 rename 和 move,自动完成文件管理。

打开文献笔记页面,按下快捷键 Ctrl+Q 打开 QuickAdd 命令面板,点击 📦插入已下载到指定目录的PDF(just rename and move) 即可。

后台将把下载到 ~/Downloads/pdf_temp/ 目录中的PDF文件,按照 citekey进行重命名,并且移动到 assets/pdfs/{期刊名}/{年份}目录中,然后在当前文献笔记页面末尾插入双链引用。

~/Downloads/pdf_temp/ 中的 ~ 符号代表用户根目录,例如在 windows系统中,我的用户根目录为 C:\Users\sheldonxxd

3. 文献阅读批注

该功能基于插件完成,支持对在 obsidian 中打开的PDF进行批注,无论是文字,还是图片都可以。而且批注的内容可以复制到任何页面。

4. 按标签分类查询文献

该功能基于插件完成,可以在指定页面总览文献标签云,文献分类统计。并提供了按照任意标签进行文献查询的模板。

5. 导出论文草稿

该功能支持将包含了对大量文献引用的页面导出为 word 文档格式的论文草稿的功能。论文草稿满足以下格式要求:

  • 仅包含标题,段落,插图和引文列表四个部分
  • 中文字体为宋体,英文字体为 Times New Roman
  • 字号默认为小四(12号)
  • 默认行距为 1.5 倍,标题为 2.0 倍
  • 引文列表中必须包含标题,期刊名,发表年份和 DOI (方便重新插文献)

    按下快捷键 Ctrl+Q 打开 QuickAdd 命令面板,点击 📑导出当前页面到word文档 即可。导出的 word 文档默认保存到 export 目录。导出完成后,当前页面末尾会附加文件双链,点击即可打开。

注意:

  1. 仅有 @开头的双链引用才被解析为是文献引用
  2. 仅支持对截图粘贴到 obsidian 中的图片进行解析。

6. 批量导出DOI

该功能支持按引用顺序导出论文草稿中所有引用文献的DOI,方便在论文中重新插入参考文献。

按下快捷键 Ctrl+Q 打开 QuickAdd 命令面板,点击 📤提取所有被引用文献的DOI,即可提取当前页面中所有引用文献的DOI,并自动复制到粘贴板中,可以直接粘贴到zotero中批量导入。

目录结构

  • 0-MOC:Map of Content,主要存放一些大纲性质的页面,或者一些基于 dataview 的查询,或者是一些像思维导图的白板
  • 1-Inbox:所有新建页面默认存放目录
  • 2-Projects:专用于集中存放不同项目的资料
  • assets:所有附件默认存放目录
  • references:所有文献笔记默认存放目录
  • scripts:所有脚本和文献查询缓存数据存放目录
  • templates:所有模板文件存放目录
  • tips:本obsidian库使用的一些说明
  • export:导出word草稿默认目录

当 SciNote 进行更新时,仅会对scriptstips 目录下的内容进行更新。所以请尽量不要在这两个目录下存放内容,避免文件名重合导致您的内容被覆盖。除此之外,您可以随意增加新的目录用于存放不同项目或者不同类别事务产生的记录。

注意事项

  • 目前仅在 Windows 系统上通过测试,在 linux 或者 macOS 上应该也能用,但可能存在环境配置问题。苹果电脑上应该使用体验更佳,但是本人目前缺钱,坐等大佬赞助苹果电脑。
  • 目前仅使用 obsidian 的 v.1.6.7 版本通过测试,务必关闭obsidian自动更新,也不要对模板库附带的插件进行更新,避免obsidian,插件,自定义脚本三者之间的不兼容。
  • 「科学家的宝贵时间应当尽可能用作思考」,不要在配置和插件上花费任何功夫。
  • 本模板库功能依赖后台 python 脚本,需要安装 anaconda以及部分依赖模块,具体可参考👇

模板库下载

通过百度网盘分享的文件:SciNote2024
链接:https://pan.baidu.com/s/1fTBrV1ZAL_D6wpQ1bqTH4g
提取码:

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最后修改:2024 年 08 月 18 日
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