https://sheldonxxd.cn/ 冬之阁记录显微成像、ImageJ、Python、AI 工具与科研数据分析实践，分享可复用的图像处理流程和技术笔记。 zh-CN Wed, 01 Jul 2026 12:50:00 GMT https://sheldonxxd.cn/archives/251/ https://sheldonxxd.cn/archives/251/ Wed, 01 Jul 2026 12:50:00 GMT 随着 AI 能力不断增强，与其纠结是否使用，不如尽早学会与 AI 协作，让 AI 承担重复劳动，把更多精力投入到真正有价值的创造中。 https://sheldonxxd.cn/archives/250/ https://sheldonxxd.cn/archives/250/ Wed, 01 Jul 2026 00:11:00 GMT AFMSPA在线工具已上线，可用于 DNA 纳米结构的原子力显微镜（AFM）图像的自动识别、分割与统计分析。 https://sheldonxxd.cn/archives/249/ https://sheldonxxd.cn/archives/249/ Tue, 30 Jun 2026 11:16:00 GMT 我AI编程经历了三个阶段：从让 AI 生成单个函数，到借助编程 Agent 完成完整任务，再到让顶尖大模型承担整个项目开发。AI 极大提升了开发效率，也不断拓宽了我的技术边界，但复杂项目仍离不开人的架构设计与最终把关。 https://sheldonxxd.cn/archives/248/ https://sheldonxxd.cn/archives/248/ Mon, 25 Aug 2025 02:16:00 GMT 5月28日《Nature Methods》介绍了一项技术——InterpolAI，能够利用深度学习（deep learning）与光流（optical flow）技术，在两张真实图像（Z stack序列）之间“创造”出新的、从未存在过的图像，从而恢复3D结构的连续性。 https://sheldonxxd.cn/archives/240/ https://sheldonxxd.cn/archives/240/ Mon, 07 Jul 2025 12:30:00 GMT 为了对cellpose微调模型在测试数据集上的效果进行评估，在Grok的帮助下弄了一个小工具。 https://sheldonxxd.cn/archives/237/ https://sheldonxxd.cn/archives/237/ Mon, 07 Jul 2025 12:07:00 GMT 这里介绍分类数据绘制散点图的常用命令stripplot。 https://sheldonxxd.cn/archives/234/ https://sheldonxxd.cn/archives/234/ Mon, 23 Jun 2025 07:24:00 GMT 本文介绍下今年更新的cellpose sam的试用情况。 https://sheldonxxd.cn/archives/233/ https://sheldonxxd.cn/archives/233/ Mon, 16 Jun 2025 02:22:00 GMT 今天介绍一种新的细胞分割方法Proseg，在细胞边缘分割处理上更加精确，从而满足空间转录组学分析的要求。 https://sheldonxxd.cn/archives/230/ https://sheldonxxd.cn/archives/230/ Wed, 11 Jun 2025 07:09:00 GMT 最近有同学问我单分子成像（DNA PAINT/STORM等）的定位精度。 https://sheldonxxd.cn/archives/225/ https://sheldonxxd.cn/archives/225/ Tue, 27 May 2025 08:28:00 GMT 在grok的帮助下利用plotly打造了一个简单的双通道成像预览函数。这样可以方便集成到数据分析工作流程中，以便实时交互以快速检验情况。 https://sheldonxxd.cn/archives/222/ https://sheldonxxd.cn/archives/222/ Fri, 23 May 2025 10:03:00 GMT 数据分析以及可视化的最终目标就是化繁为简，直观地呈现数据的特征和差异，以便论文里能够简单清晰地讲清楚。饼图虽然简单，但是有时候也很有用。 https://sheldonxxd.cn/archives/221/ https://sheldonxxd.cn/archives/221/ Wed, 21 May 2025 14:03:00 GMT 记录三维点云配准的经典Iterative Closest Point（ICP）算法。 https://sheldonxxd.cn/archives/218/ https://sheldonxxd.cn/archives/218/ Wed, 21 May 2025 08:28:00 GMT 要判断一个东西是否在一个三维区域的内部还是外部是很简单的，但是要直观地展示出来这种三维空间的内外关系，需要一些技巧。这里举个例子。 https://sheldonxxd.cn/archives/215/ https://sheldonxxd.cn/archives/215/ Wed, 21 May 2025 04:29:00 GMT 本文记录一个立体几何相关的基于距离求解坐标的函数。 https://sheldonxxd.cn/archives/213/ https://sheldonxxd.cn/archives/213/ Tue, 20 May 2025 08:07:00 GMT 之前想写一个函数来计算一个三维物体的最邻近间隙距离并进行可视化。发现Grok提供的代码最简洁，可视化效果最好。这里具体记录下这种99%的工作量依靠AI完成的编程过程。 https://sheldonxxd.cn/archives/210/ https://sheldonxxd.cn/archives/210/ Tue, 20 May 2025 03:10:00 GMT 对于很小的信号点比如单分子光斑，或者是单分子定位的散点cluster，我们可以忽略其本身的体积，视作质点来计算。这样可以计算质点之间的最邻近距离（Nearest Neighborhood Distance, NND），此时使用KDTree可以很好的解决问题。但是当信号是一个区域的时候，如果再使用NND，则单个cluster区域较大计算的质心NND就无法体现其... https://sheldonxxd.cn/archives/206/ https://sheldonxxd.cn/archives/206/ Fri, 16 May 2025 14:13:00 GMT 像threshold otsu或者threshold li等方法得到的阈值就是一个数值，然后得应用到全局。但如果一张比较大的图像，特别是三维数据中各处的背景不太均匀的时候，直接使用一个数值来进行全局的阈值分割很难做好。所以掌握局部阈值计算方法是很必要的。 https://sheldonxxd.cn/archives/203/ https://sheldonxxd.cn/archives/203/ Fri, 16 May 2025 08:38:00 GMT 三维成像数据中的物体分割，不能简单的先逐层分析每个slice，再堆叠回去。因此这里再专门提供一个三维点簇状信号分割的函数。 https://sheldonxxd.cn/archives/201/ https://sheldonxxd.cn/archives/201/ Fri, 16 May 2025 03:41:00 GMT 通过阈值分割图像中的前景和背景是成像数据分析中基础的基础。此处以skimage.filters.threshold li函数为例，介绍基于最小交叉熵的图像阈值搜索算法。 https://sheldonxxd.cn/archives/194/ https://sheldonxxd.cn/archives/194/ Thu, 15 May 2025 12:44:00 GMT 点簇状信号在成像数据中非常常见。这里提供一个整合好的函数方便进行分析。 https://sheldonxxd.cn/archives/190/ https://sheldonxxd.cn/archives/190/ Wed, 14 May 2025 12:51:00 GMT 在多色成像时会遇到通道对齐的问题，一个比较可靠的做法是使用多色荧光小球作为marker。 https://sheldonxxd.cn/archives/184/ https://sheldonxxd.cn/archives/184/ Tue, 13 May 2025 11:01:00 GMT 此处以批量缩小ROI为例介绍如何利用shapely模块对ROI进行调整。 https://sheldonxxd.cn/archives/182/ https://sheldonxxd.cn/archives/182/ Sat, 10 May 2025 09:51:00 GMT 工作中需要处理各种电子表格文件，这里记录一下常用的pandas功能，免得总是网上查来查去。 https://sheldonxxd.cn/archives/179/ https://sheldonxxd.cn/archives/179/ Wed, 07 May 2025 01:35:00 GMT 使用编程的方式能够高度自定义地对大量数据进行分析，但为保证分析的准确性，需要对中间步骤进行充分的可视化检查。 https://sheldonxxd.cn/archives/177/ https://sheldonxxd.cn/archives/177/ Wed, 30 Apr 2025 08:18:00 GMT 当要对大量数据进行分析之前，须先快速预览数据。了解一些基本情况是非常必要的。这里整理了下我常用的预览成像数据使用的代码。 https://sheldonxxd.cn/archives/174/ https://sheldonxxd.cn/archives/174/ Wed, 30 Apr 2025 04:47:00 GMT 最近需要搬迁到另外一台电脑上，但是其中一些模块是无法自动安装的，所以最好的办法是整体迁移过去。这里介绍手动迁移python虚拟环境的办法。 https://sheldonxxd.cn/archives/170/ https://sheldonxxd.cn/archives/170/ Mon, 28 Apr 2025 04:03:00 GMT 提供一个函数，可以获取matplotlib绘制直方图后返回的数据并整理到表格中，方便用户使用其它工具进行美化作图。 https://sheldonxxd.cn/archives/160/ https://sheldonxxd.cn/archives/160/ Wed, 16 Apr 2025 11:23:00 GMT 稍微得空，简单记录下之前看到的一个号称可以分割一切显微图像micro SAM工具。 https://sheldonxxd.cn/archives/154/ https://sheldonxxd.cn/archives/154/ Wed, 02 Apr 2025 04:18:00 GMT 图像分割时很多模型给出的都是mask图像，为了方便转换为ROI，这里提供一段python代码基于mask提取contour坐标。 https://sheldonxxd.cn/archives/153/ https://sheldonxxd.cn/archives/153/ Wed, 02 Apr 2025 04:09:00 GMT 有时候需要对cellpose检测结果进行自定义的可视化展示，则需要读取其保存的npy文件并进行处理。