该工具目前支持三角形、矩形、六边形和硅藻形四类二维 DNA origami 结构,能够:
- 自动识别分割 AFM 图像中的合格 DNA 纳米结构颗粒;
- 根据物理标尺换算DNA纳米结构颗粒的面积、周长、质心位置和高度信息;
- 通过网页界面在线使用,无需本地配置复杂深度学习环境即可体验。
简要使用说明如下:
- 打开 AFMSPA 在线工具,点击上传区域或将 AFM 图像拖入页面。目前建议使用 PNG / TIFF 格式的8-bit灰度图。
- 在“设定物理标尺”中填写 pixelsize (nm)、z_min (nm) 和 z_max (nm),用于将像素与灰度值换算为实际物理量。
- 在“选择模型”中选择对应的 DNA 纳米结构分析模型。如需快速体验,可点击“加载示例图像”。
- 根据需要在“更多参数设置”中调整预估尺寸、流场阈值、概率阈值和迭代次数;也可使用“测量直径”辅助设置目标尺寸。
- 点击“运行分割”,页面将显示模型识别出的颗粒区域。
- 点击“统计分析”查看 ROI 的面积、周长、质心位置及高度统计结果,并可下载 CSV 文件用于后续分析。