python基础教程
终于把面向初学者的 python 基础教程完成了。网上名为「python教程」的内容浩如烟海,但是大多都是面向软件开发人员的教程,其中代码知识极广极深,并不适合以成像数据分析为目的的小众科研用户。
终于把面向初学者的 python 基础教程完成了。网上名为「python教程」的内容浩如烟海,但是大多都是面向软件开发人员的教程,其中代码知识极广极深,并不适合以成像数据分析为目的的小众科研用户。
工作中需要处理各种电子表格文件,这里记录一下常用的pandas功能,免得总是网上查来查去。
最近需要搬迁到另外一台电脑上,但是其中一些模块是无法自动安装的,所以最好的办法是整体迁移过去。这里介绍手动迁移python虚拟环境的办法。
这里以安装napari为例,介绍使用conda创建和管理虚拟环境以满足不同的软件环境依赖要求。
介绍pandas模块用于数据表分类汇总和导出。
信噪比是评估一个新的成像探针或者成像方法的重要指标之一。
如果想收集图像ROI中所有像素值且无需保留矩阵结构,可以使用以下函数。
这里介绍使用 AICSImage 和 roifile 来读取从 ImageJ 中保存的 TIFF 高维图像和 ROI 记录。
这里展示使用代码批量读取成组数据的多个文件并自动整理。
这里展示如何使用curve fit进行高斯双峰拟合。
对于曲线拟合,如果数据点太少,可能导致拟合效果糟糕。所以有时候需要一维插值。
这里简单展示如何对高斯分布的曲线进行拟合以计算成像分辨率。
这里以荧光漂白恢复曲线计算恢复时间为例介绍python做曲线拟合。
我们编程很多时候是希望批量处理大量文件,那么第一步就是要能够批量地读取这些文件。
人生苦短,我用 python。
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