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python 5 pandas 3 高斯拟合 2 conda 2 ROI 2 半衰期 1 插值 1 分辨率 1 曲线拟合 1 文件路径 1 信噪比 1 FRAP 1 glob 1 ImageJ 1 napari 1 obsidian 1 pickle 1 pyperclip 1 pypi 1 TIFF 1 vscode 1
python基础教程

python基础教程

终于把面向初学者的 python 基础教程完成了。网上名为「python教程」的内容浩如烟海,但是大多都是面向软件开发人员的教程,其中代码知识极广极深,并不适合以成像数据分析为目的的小众科研用户。

基于pandas整理表格数据的常用功能

基于pandas整理表格数据的常用功能

工作中需要处理各种电子表格文件,这里记录一下常用的pandas功能,免得总是网上查来查去。

python基础

python虚拟环境迁移

最近需要搬迁到另外一台电脑上,但是其中一些模块是无法自动安装的,所以最好的办法是整体迁移过去。这里介绍手动迁移python虚拟环境的办法。

conda虚拟环境创建与备份

conda虚拟环境创建与备份

这里以安装napari为例,介绍使用conda创建和管理虚拟环境以满足不同的软件环境依赖要求。

汇总数据表并导出

汇总数据表并导出

介绍pandas模块用于数据表分类汇总和导出。

简单计算信噪比

简单计算信噪比

信噪比是评估一个新的成像探针或者成像方法的重要指标之一。

python基础

收集ROI内的像素值

如果想收集图像ROI中所有像素值且无需保留矩阵结构,可以使用以下函数。

读取TIFF文件和ROI记录

读取TIFF文件和ROI记录

这里介绍使用 AICSImage 和 roifile 来读取从 ImageJ 中保存的 TIFF 高维图像和 ROI 记录。

规范命名以便高效读取数据

规范命名以便高效读取数据

这里展示使用代码批量读取成组数据的多个文件并自动整理。

高斯双峰拟合

高斯双峰拟合

这里展示如何使用curve fit进行高斯双峰拟合。

一维数据插值以改善拟合效果

一维数据插值以改善拟合效果

对于曲线拟合,如果数据点太少,可能导致拟合效果糟糕。所以有时候需要一维插值。

高斯拟合计算成像分辨率

高斯拟合计算成像分辨率

这里简单展示如何对高斯分布的曲线进行拟合以计算成像分辨率。

曲线拟合计算荧光漂白恢复时间

曲线拟合计算荧光漂白恢复时间

这里以荧光漂白恢复曲线计算恢复时间为例介绍python做曲线拟合。

python基础

批量获取文件路径

我们编程很多时候是希望批量处理大量文件,那么第一步就是要能够批量地读取这些文件。

python基础

obsidian-python环境布置

人生苦短,我用 python。

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