AFM就是原子力扫描显微镜，这种设备能够得到样品表面形貌信息，而且还具有纳米级分辨率。但是它的原始数据格式每个设备厂商都不太一样，然后大家发表文章的时候，都喜欢选择这种铜色的伪彩。
然而如果直接利用导出的这种tif来进行测量分析，会比较麻烦。一方面是高度和图像的亮度不是线性关系，另外一个pixelsize还要根据scale bar 重新计算。所以我就说，数据可视化和数据分析是两回事，千万不要可视化的图作为待分析的数据输入。如果非要在这类tif的基础上分析，也不是不能做，可以看下需要进行哪些预处理步骤。
1. 重建图像标尺
2. 拆分RGB通道
3. 伪彩colorbar拆分
4. 检查伪彩线性关系
5. 重建高度与图像像素线性关系
6. 截取干净图像区域并缩放到指定pixelsize
7. 另存为PNG格式
写在最后
别笑，最开始我帮用户分析AFM数据，就是这样干的。
虽然能做，但是效率非常低。后来我就用 python 写了一段程序，利用开源的 pySPM 等模块，实现一键预处理并转换，直接得到可以用于数据分析的AFM高度形貌的PNG灰度图。
只需要选择存放了能够被识别的AFM数据文件的目录，然后设置好转换参数，点击Convert就能搞定。
目前支持Bruker MultiMode8 产出的 *.spm 以及牛津仪器的全功能视频级原子力显微镜产出的 *.ARIS 原始数据的预处理转换。