ImageJ中编辑选区

这里介绍下 ImageJ中可以对 Selection 进行编辑的操作。

ROI膨胀与环状细胞膜信号测量

本文介绍如何将ROI线条膨胀为环状以满足细胞膜信号测量的需求。 在测量细胞膜信号的时候,我们可以手绘一个细胞轮廓,尽可能经过每个信号点。细胞膜的信号是有一定宽度的,如果能够根据这个闭合轮廓线条进行扩张,以完整包含细胞膜信号,则至少可以节省一半的工作量。 如上图所示,先使用 freehand 工具大致...

之前尝试自己写 macro 来实现了一个 ROI 的膨胀功能。事实这个功能就是 Edit > Selection > Make Band,输入的参数就是 band width。然后就会由内往外得到一个新的环状的选区。例如创建 1.5 微米宽度的Band,对应的 macro命令是 run("Make Band...", "band=1.5");

如果最开始的 ROI 太大或者太小,也可以调用 Enlarge 命令来进行ROI的缩放。例如缩小 0.5 微米(使用负号),可以使用 run("Enlarge...", "enlarge=-0.5"); 来进行调整。

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此外还有不少可以对 selection 执行的编辑,除了基本的平移旋转缩放外,下面还列了几个可能比较有用的:

  • run(“Fit Spline”); 使用 spline曲线对手绘的 freehand 选区进行拟合,使得选区轮廓更加平滑

  • run(“Interpolate”, “interval=30 smooth adjust”); 可以对 freehand 选区进行平滑,并且重新进行插值并指定锚点间隔

make band 是一个很实用的命令,除了此处细胞膜信号测量,网上也有使用该命令通过macro编程实现 「径向荧光强度测量」的教程1

Footnotes

  1. https://zhuanlan.zhihu.com/p/56077240